|
|
Tvorba biofilmu u probiotických kultur a možnosti jeho využití ve farmacii
Ryšávka, Petr ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Vorlová, Lenka (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na vývoj adhezivní formy probiotik ve formě biofilmu na kombinovaných nosičích s prebiotickou složkou, druhá část práce byla věnována vlivu potravin na množení a přežívání vybraných typů probiotických bakterií. Dále byl sledován vliv individualizované probiotické suplementace na změny střevního mikrobiomu člověka. V první části práce byly vybrány a otestovány vhodné adherentní probiotické kmeny pro tvorbu biofilmu. Podařilo se zavést metody a otestovat různé varianty nosičů pro kultivaci a navázání bakterií. In vitro experimenty ověřily stabilitu biofilmu a jeho odolnost vůči nízkému pH, žluči a antibiotikům ve srovnání s planktonní formou. Rovněž byl sledován antimikrobiální efekt probiotických kmenů ve formě biofilmu. Kultivace multidruhového biofilmu na kombinovaném nosiči byla optimalizována a zároveň byla potvrzena stabilita biofilmu a finální životnost probiotických bakterií. Ve druhé části práce byl hodnocen vliv různých potravin a nápojů na životaschopnost probiotických bakterií důrazem na simulaci průchodu gastrointestinálním traktem. Byly testovány jak modelové roztoky (různé koncentrace alkoholu, cukru, soli, bílkovin a různé pH) tak různé druhy skutečných potravin a nápojů. Vliv potravin a nápojů byl testován na monokulturách Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium breve a na probiotických kapslích obsahujících smíšenou kulturu probiotických mikroorganismů. Přežití probiotik v různých potravinových matricích v simulovaném prostředí gastrointestinálního traktu bylo kvantitativně odlišné. Podařilo se definovat potraviny vhodné pro podporu množení probiotických bakterií. Poslední část práce byla zaměřena na cílenou úpravu střevního mikrobiomu individualizovanými probiotiky, kterábyla připravena na základě molekulárně biologické analýzy střevního mikrobiomu zaměřené na detekci procentuálního zastoupení laktobacilů, bifidobakterií a kmenů Firmicutes a Bacteroidetes. Personifikovaná probiotická suplementace potvrdila pozitivní efekt tohoto přístupu na změny mikrobiomu zejména na zvýšení obsahu laktobacilů, bifidobakterií a celkové diverzity mikrobiomu.
|
|
|
Stanovení koncentrace alfa-1-antitrypsinu ve stolici imunoanalytickou metodou
Plačková, Marie ; Kocna, Petr (vedoucí práce) ; Průša, Richard (oponent)
Stanovení koncentrace α1 - antitrypsinu ve stolici je diagnostickým ukazatelem zánětlivých onemocnění tenkého a tlustého střeva, zejména malabsorpčního syndromu. α1 - antitrypsin patří mezi skupinu plazmatických bílkovin s antiproteinázovým účinkem. Je syntetizován především v játrech, v malém množství v makrofázích jako antiproteáza fyziologicky inhibuje serinové proteázy neutrofilů. Z jater je uvolňován do krevního řečiště. α1 - antitrypsin je reaktant akutní fáze. Při zánětlivé reakci je tvorba α1 - antitrypsinu v játrech stimulována protizánětlivými vytokány. Vzestup hladiny v časné fázi zánětu koreluje s CRP a dalšími pozitivními proteiny akutní fáze. Jako spolehlivý senzitivní a specifický marker ztráty proteinů může být clearence α1 - antitrypsinu ve stolici. Stanovení α1 - antitrypsinu ve stolici lze provádět technikami ELISA, což je nekompetitivní enzymoimunoanalýza sloužící k detekci protilátek, u níž je využita schopnost imunoglobulinů vázat se na povrch umělých hmot (např. polystyrenu) a schopnost vázat enzymy na těžké řetězce imunoglobulinových molekul. Cílem práce bylo porovnat komerční sety pro imunoanalytické stanovení koncentrace α1 - antitrypsinu ve stolici metodou ELISA, a to sety firmy Immundiagnostik a Ridascreen. Dále pak zjistit stabilitu α1 - antitrypsinu ve vzorku stolice a...
|
|
|
Bakteriom stolice při terapii dětských neinfekčních onemocnění
Vodolánová, Lucie ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Hrabák, Jaroslav (oponent)
Střevní mikrobiota je složena až ze 100 bilionů mikroorganismů, z nichž majoritní zastoupení mají bakterie. Její složení se mění v průběhu celého života a ovlivňuje vývoj imunitního systému, obranyschopnost proti patogenům, výživu hostitele, syntézu vitamínů či ukládání tuků. Některé studie poukazují na spojení mezi složením mikrobioty a vznikem zánětlivých střevních onemocnění. Jednou z možností léčby je terapie anti-TNFα protilátkami, které vychytávají nebo antagonizují cytokin TNFα, který mediuje zánět ve střevní sliznici. Cílem této práce bylo zjistit, jak tato léčba ovlivňuje složení střevního bakteriomu u dětských pacientů s Crohnovou chorobou, a najít konkrétní bakteriální taxony, jejichž četnost se při léčbě mění. Analýzou složení bakteriomu dětských pacientů s juvenilní idiopatickou artritidou jsem chtěla zjistit, jestli tato změna v zastoupení taxonů je specifická pro Crohnovu chorobu (jedná-li se o terapeuticky indukovanou restituci střeva) nebo jde o obecný důsledek terapie anti-TNFα. Pro stanovení "zdravého" bakteriomu sloužily paralelně vzorky stolic od zdravých dětí. Složení bakteriomu bylo stanoveno profilováním analýzou variabilní oblasti V4 genu pro 16S rDNA ze vzorků stolic pacientů a kontrol pomocí sekvenování nové generace. Získaná data byla bioinformaticky analyzována....
|
|
|
Tvorba biofilmu u probiotických kultur a možnosti jeho využití ve farmacii
Ryšávka, Petr ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Vorlová, Lenka (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na vývoj adhezivní formy probiotik ve formě biofilmu na kombinovaných nosičích s prebiotickou složkou, druhá část práce byla věnována vlivu potravin na množení a přežívání vybraných typů probiotických bakterií. Dále byl sledován vliv individualizované probiotické suplementace na změny střevního mikrobiomu člověka. V první části práce byly vybrány a otestovány vhodné adherentní probiotické kmeny pro tvorbu biofilmu. Podařilo se zavést metody a otestovat různé varianty nosičů pro kultivaci a navázání bakterií. In vitro experimenty ověřily stabilitu biofilmu a jeho odolnost vůči nízkému pH, žluči a antibiotikům ve srovnání s planktonní formou. Rovněž byl sledován antimikrobiální efekt probiotických kmenů ve formě biofilmu. Kultivace multidruhového biofilmu na kombinovaném nosiči byla optimalizována a zároveň byla potvrzena stabilita biofilmu a finální životnost probiotických bakterií. Ve druhé části práce byl hodnocen vliv různých potravin a nápojů na životaschopnost probiotických bakterií důrazem na simulaci průchodu gastrointestinálním traktem. Byly testovány jak modelové roztoky (různé koncentrace alkoholu, cukru, soli, bílkovin a různé pH) tak různé druhy skutečných potravin a nápojů. Vliv potravin a nápojů byl testován na monokulturách Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium breve a na probiotických kapslích obsahujících smíšenou kulturu probiotických mikroorganismů. Přežití probiotik v různých potravinových matricích v simulovaném prostředí gastrointestinálního traktu bylo kvantitativně odlišné. Podařilo se definovat potraviny vhodné pro podporu množení probiotických bakterií. Poslední část práce byla zaměřena na cílenou úpravu střevního mikrobiomu individualizovanými probiotiky, kterábyla připravena na základě molekulárně biologické analýzy střevního mikrobiomu zaměřené na detekci procentuálního zastoupení laktobacilů, bifidobakterií a kmenů Firmicutes a Bacteroidetes. Personifikovaná probiotická suplementace potvrdila pozitivní efekt tohoto přístupu na změny mikrobiomu zejména na zvýšení obsahu laktobacilů, bifidobakterií a celkové diverzity mikrobiomu.
|
|
|
Studium prevalence \kur{Giardia intestinalis}
BROŽOVÁ, Kristýna
Tento projekt je zaměřen na studium prevalence střevního prvoka, Giardia intestinalis, v lidských a zvířecích vzorcích, a to pomocí dvou diagnostických přístupů: (i) koproskopická diagnostika, konkrétně využitím Sheatherovy flotace, a (ii) PCR. Nejprve byly optimalizovány tři PCR protokoly pro různé geny (triózafosfát-izomeráza, beta-giardin a malá ribozomální podjednotka) gradientovou PCR. Na základě těchto výsledků byl gen TPI vybrán jako nejlepší volba pro molekulární diagnostiku G. intestinalis v odebraných vzorcích stolice a trusu. Giardia byla detekována pouze ve zvířecích vzorcích (2/41, vzorky psa a králíka), zatímco všechny analyzované lidské vzorky zůstaly negativní. Později se ukázalo, že protokol TPI vykazoval nízkou citlivost pro diagnostiku G. intestinalis.
|
|
|
Genom enterovirů z dětské stolice: kombinace next-generation a klasického Sangerova sekvenování
Holková, Kateřina ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Cílem této práce je vývoj strategie pro vyhodnocování dat z next-generation sekvenování. Pomocí bioinformatických nástrojů (programu Galaxy, Velvet, Enterovirus genotyping tool) jsme optimalizovali metodu pro zpracování těchto dat. Analyzovali jsme 22 vzorků. Deset z těchto vzorků bylo pěstováno na buněčných kulturách, zbylých dvanáct pochází z reálných vzorků stolic. Všechny vzorky pocházejí od jednotlivců, kteří jsou geneticky predisponovaní k diabetu 1. typu a všechny byly pozitivní na enterovirus. Enteroviry a jejich infekce jsou po dlouhou dobu považovány za vážné kandidáty, kteří mohou být zapojeni do etiologie onemocnění diabetu 1. typu, což je onemocnění končící absolutním deficitem insulínu v důsledku autoimunitní destrukce beta buněk pankreatu. Genetická složka tohoto onemocnění se zdá být poměrně dobře definována (HLA, INS, CTLA4, PTPN22, CTLA4, IFIH1 a mnoho dalších genů), environmentální část etiologie zůstává nejasná. Dokázali jsme sestavit 22 genomů de novo, avšak s četnými mezerami mezi jednotlivými kontigy. U prvních devíti vzorků jsme tyto mezery překlenuli pomocí Sangerova sekvenování. Tímto způsobem jsme sestavili 9 celých virových genomů. Hlavním přínosem této práce je vytvoření univerzálního postupu analýzy dat z next- generation sekvenování, který se již používá pro další...
|
|
|
Stanovení koncentrace alfa-1-antitrypsinu ve stolici imunoanalytickou metodou
Plačková, Marie ; Kocna, Petr (vedoucí práce) ; Průša, Richard (oponent)
Stanovení koncentrace α1 - antitrypsinu ve stolici je diagnostickým ukazatelem zánětlivých onemocnění tenkého a tlustého střeva, zejména malabsorpčního syndromu. α1 - antitrypsin patří mezi skupinu plazmatických bílkovin s antiproteinázovým účinkem. Je syntetizován především v játrech, v malém množství v makrofázích jako antiproteáza fyziologicky inhibuje serinové proteázy neutrofilů. Z jater je uvolňován do krevního řečiště. α1 - antitrypsin je reaktant akutní fáze. Při zánětlivé reakci je tvorba α1 - antitrypsinu v játrech stimulována protizánětlivými vytokány. Vzestup hladiny v časné fázi zánětu koreluje s CRP a dalšími pozitivními proteiny akutní fáze. Jako spolehlivý senzitivní a specifický marker ztráty proteinů může být clearence α1 - antitrypsinu ve stolici. Stanovení α1 - antitrypsinu ve stolici lze provádět technikami ELISA, což je nekompetitivní enzymoimunoanalýza sloužící k detekci protilátek, u níž je využita schopnost imunoglobulinů vázat se na povrch umělých hmot (např. polystyrenu) a schopnost vázat enzymy na těžké řetězce imunoglobulinových molekul. Cílem práce bylo porovnat komerční sety pro imunoanalytické stanovení koncentrace α1 - antitrypsinu ve stolici metodou ELISA, a to sety firmy Immundiagnostik a Ridascreen. Dále pak zjistit stabilitu α1 - antitrypsinu ve vzorku stolice a...
|
host ::
RSS.